โรงเรียนวัดหงส์รัตนาราม เริ่มก่อตั้งเมื่อ พ.ศ. ๒๔๙๖ เดิมชื่อโรงเรียนสามัญบางกอกใหญ่ สังกัดกองการศึกษาพิเศษ แผนกมัธยม กรมวิสามัญศึกษา กระทรวงศึกษาธิการ ใช้อักษรย่อ ส.บ.ญ. ใช้อาคารเรียนของวัดราชสิทธารามเปิดสอนชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๑ – ๓ เน้นหลักสูตรวิชาชีพ
พ.ศ. ๒๔๙๗ ย้ายจากโรงเรียนวัดราชสิทธาราม มาใช้อาคารเรียนของโรงเรียนสตรีการช่างธนบุรี ตั้งอยู่ในบริเวณวัดหงส์รัตนาราม ซึ่งเป็นที่ตั้งโรงเรียนในปัจจุบัน
พ.ศ. ๒๕๐๐ ได้รับคัดเลือกจากกระทรวงศึกษาธิการ ให้เข้าอยู่ในโครงการปรับปรุงโรงเรียน
ประถมศึกษา กรุงเทพ – ธนบุรี ( รุ่นที่ ๒ ) โดยได้รับความร่วมมือจากองค์การการศึกษาวิทยาศาสตร์และวัฒนธรรมแห่งชาติ ( UNESCO ) และองค์การบริหารวิเทศกิจของสหรัฐอเมริกา ( ICA ) ซึ่งเริ่มดำเนินการทดลองและขยายผล ระหว่าง พ.ศ. ๒๔๙๔ – ๒๕๐๔
พ.ศ. ๒๕๑๐-๒๕๑๑ ได้รับงบประมาณให้สร้างอาคารเรียนเป็นตึก ๓ ชั้น ซึ่งเป็นอาคารเรียนที่ใช้มาจนถึงปัจจุบัน
พ.ศ. ๒๕๑๔ เปลี่ยนชื่อจากโรงเรียนสามัญบางกอกใหญ่ เป็นโรงเรียนวัดหงส์รัตนาราม ใช้อักษรย่อ ส.ห.ร.
พ.ศ. ๒๕๒๓ โอนมาสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติ เปิดสอนตั้งแต่ชั้น ประถมศึกษาปีที่ ๑ – ๖ จนถึงปัจจุบัน ต่อมาเปิดสอนนักเรียนที่มีความบกพร่องทางสติปัญญา ตามโครงการเรียนร่วมของกองการศึกษาพิเศษ กรมสามัญศึกษา
พ.ศ. ๒๕๓๕ ได้รับอนุมัติให้เปิดสอนชั้นอนุบาล หลักสูตร ๒ ปี เพื่อเตรียมความพร้อมด้านต่าง ๆ ของเด็กให้พร้อมจะเรียนในชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑ และเป็นการช่วยเหลือผู้ปกครองที่มีฐานะยากจน ให้ได้มีโอกาสส่งบุตรหลานเข้าเรียนก่อนวัยเรียน
พ.ศ. ๒๕๔๔ ได้รับคัดเลือกเป็นโรงเรียนนำร่องการใช้หลักสูตรสถานศึกษาขั้นพื้นฐาน และได้รับ การประเมินมาตรฐานการศึกษาจากสำนักงานรับรองมาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษา
ปีการศึกษา ๒๕๔๕ เริ่มใช้หลักสูตรสถานศึกษาขั้นพื้นฐาน ในชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑ และชั้นประถมศึกษาปีที่ ๔
ปีการศึกษา ๒๕๕๓ เริ่มใช้หลักสูตรสถานศึกษาโรงเรียนวัดหงส์รัตนาราม ปีการศึกษา ๒๕๕๓ ตามหลักสูตรแกนกลางการศึกษาขั้นพื้นฐาน พุทธศักราช ๒๕๕๑
ปีการศึกษา ๒๕๕๔ ได้รับการประเมินมาตรฐานการศึกษาจากสำนักงานรับรองมาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษา ( รอบที่ ๓ ) วันที่ ๑๓ – ๑๕ มิถุนายน ๒๕๕๔ และรับรองมาตรฐานจากสำนักงานรับรองมาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษา ( รอบที่ ๓ ) เมื่อวันที่ ๒๖ มิถุนายน ๒๕๕๕
ปีการศึกษา ๒๕๕๔ ได้รับงบแปรญัตติ โดยนายวิลาศ จันทร์พิทักษ์ สมาชิกสภาผู้แทนราษฎร เขตบางกอกใหญ่ เพื่อจัดทำหลังคาคลุมลานอเนกประสงค์บริเวณสนามหน้าโรงเรียน และหลังคาบนดาดฟ้าชั้น ๓ เป็นจำนวนเงิน ๑,๕๐๐,๐๐๐ บาท
ปีการศึกษา ๒๕๕๕ ได้รับงบแปรญัตติ โดยนายวิลาศ จันทร์พิทักษ์ สมาชิกสภาผู้แทนราษฎร เขตบางกอกใหญ่ เพื่อปรับปรุงห้องสมุดอิเล็กทรอนิกส์ ( Electronic Library ) เป็นจำนวนเงิน ๑,๒๐๐,๐๐๐ บาท ได้รับการคัดเลือกให้เป็นโรงเรียน ต้นแบบการจัดการเรียนรวม และได้รับอนุมัติจากสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษากรุงเทพมหานคร ให้เปิดทำการสอนชั้นอนุบาล ๓ ขวบ
ปีการศึกษา ๒๕๕๗ ได้รับมอบหมายจากคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐานให้เป็นโรงเรียนนำร่องการท่องคำกลอนอาขยาน ค่านิยม ๑๒ ประการและการสอนภาษาไทยแบบแจกลูกสะกดคำตามพระราชดำริของสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี
ปีการศึกษา ๒๕๕๘ กระทรวงศึกษาธิการได้ประเมินให้โรงเรียนเป็นสถานศึกษารางวัลพระราชทาน ระดับประถมขนาดเล็ก ประจำปีการศึกษา ๒๕๕๘
ปีการศึกษา ๒๕๖๑ ได้รับโล่รางวัลดีเด่น รางวัลสถานศึกษาปลอดภัยระดับประเทศ
ปีการศึกษา ๒๕๖๒ ได้รับประกาศนียบัตรรางวัลดีเด่น (ปีที่ ๒ ) รางวัลสถานศึกษาปลอดภัยระดับประเทศ
ปีการศึกษา ๒๕๖๓ ได้รับการประเมินคุณภาพภายนอก รอบที่ ๔ จากหน่วยงานสำนักงานรับรองมาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษา (องค์การมหาชน) (สมศ.) ผลการประเมินอยู่ในระดับคุณภาพ ดีมาก
ปีการศึกษา ๒๕๖๓ ได้รับประกาศนียบัตรรางวัลดีเด่น (ปีที่ ๓ ) รางวัลสถานศึกษาปลอดภัยระดับประเทศ
ปีการศึกษา ๒๕๖๔ ได้รับประกาศนียบัตรรางวัลดีเด่น (ปีที่ ๔ ) รางวัลสถานศึกษาปลอดภัยระดับประเทศ
ปีการศึกษา ๒๕๖๔ รางวัลระดับดีเยี่ยม รองชนะเลิศอันดับ ๒ การประกวดนวัตกรรมการใช้หลักสูตรด้านทุจริตศึกษา (๑ โรงเรียน ๑ นวัตกรรม) ภายใต้โครงการสร้างเสริมคุณธรรม จริยธรรม และธรรมาภิบาลในสถานศึกษา